肛門に体温計を挿入して計測する方法。舌下温よりもさらに体の中心に近い体温を測定できる。
外気による体表温度への影響を最も受けにくく正確性が高いため、死体の検視・検案や生命に危険を及ぼす重度の高体温・低体温の診察に有用である。しかし、意識のある人では羞恥心や不快感をもよおす場合が多く、舌下や腋下での計測が難しい（姿勢を保っていられない）乳幼児や体の自由がきかない患者、あるいは全身麻酔での手術中の体温を計測するときに行うのが普通である。通常、腋下温や舌下温よりもやや高く測定される。完全な平衡温度に達するには、3～5分以上を要する。欧州（特に北部）では直腸での測定が主流で、歯ブラシのように個人個人が自分の体温計を所有する習慣の国もある。
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